La loi du 26 janvier 1984 relative à l'enseignement supérieur consacre l'autonomie pédagogique, scientifique, administrative et financière de l'Université. Celle-ci est gérée de façon démocratique avec l'ensemble des personnels, des étudiants et des personnalités extérieures.
Le président et l'équipe de direction
Le président de l'Université est élu à la majorité absolue des membres élus du conseil d'administration pour un mandat de 4 ans renouvelable une fois. Il est assisté par la commission permanente composée de représentants enseignants, étudiants, BIATOS et par l'équipe de direction.
Les trois conseils
Les trois conseils constituent le pouvoir législatif ; ces instances regroupent les représentants des personnels (enseignants-chercheurs et BIATOS) et des personnalités extérieures, élus pour 4 ans, et les représentants des étudiants, élus pour 2 ans. Les membres des trois conseils sont élus par les différents collèges de l'ensemble des usagers et personnels de l'Université.
Les trois conseils sont:
- le Conseil d'administration,
- le Conseil scientifique,
- le Conseil des études et de la vie universitaire.